위에서 예로 드신, 1, 2, 3, 4의 검색 대상 문자열은 모두 *다른* 문자열이므로 하나의 검색 문자열로 검색하는 것은 불가능한 것으로 판단됩니다. 각주 번호이던 아니던 하나의 독립된 문자이기에 '아버지, 어머니, 삼촌'이라는 텍스트에서 '남편'이라는 단어로 검색하려는 것과 다를 바가 없습니다. 눈에 보이거나 인쇄는 되지 않는 감춰진 텍스트 레이어를 만들어 처리할 수 있을 듯도 싶습니다. 마침 찾아보니 비슷한 내용의 질문과 답이 있네요. http://stackoverflow.com/questions/4031825/add-a-duplicate-hidden-text-layer-to-a-pdf-for-extra-searching 이와 같은 일을 TeX으로 하려면 어찌해야 할지 깊이 연구해 보지는 않았습니다만, pdfcomment 패키지처럼 주석을 다는 형식으로 가능하지 않을까 짐작해 봅니다.