그 문서를 다시 읽어보고 나름대로 해답을 찾았습니다. 사실 원래는 \usepackage{xetexko}를 안 넣어도 한글이 잘 식자되길래 안 넣었었습니다.

\usepackage{xetexko}

%\setmainfont[

% Mapping=tex-text,AutoFakeBold={2.0},AutoFakeSlant={0.2}

%]{KoPubBatangMedium}

%\setsansfont[

% Mapping=tex-text,AutoFakeBold={2.0},AutoFakeSlant={0.2}

%]{KoPubDotumMedium}

\setmainhangulfont[

Mapping=tex-text,AutoFakeBold={2.0},AutoFakeSlant={0.2}

]{KoPubBatangMedium}

\setsanshangulfont[

Mapping=tex-text,AutoFakeBold={2.0},AutoFakeSlant={0.2}

]{KoPubDotumMedium}

\xetexkofontregime{hangul}[hyphens=latin]

도움 주셔서 감사합니다.