의견을 모아보니 U+223C (TILDE OPERATOR)에 한해서는 \XeTeXcharclassSY 에 할당하여 기본값으로 한글 폰트로 찍히도록 하는 게 좋겠습니다. 이삼일 내로 CTAN에 올리겠습니다.