원고의 포맷을 무엇으로 할지 미리 출판사와 협의하지 않으셨나 보네요. 출판사에서는 당연히 하안글이나 워드로 작성하시리라 예상했을 것입니다. 아무튼 이 상황에서 저런 고민은 출판사가 할 것이지, 저자가 할 게 아니라고 봅니다.

PDF는 편집 가능한 포맷이 아닙니다. (아크로뱃이나 일러스트레이터를 이용하여 한두 페이지를 간단히 손보는 것은 가능합니다만,이런 경우에는 유의미한 방법으로 거론할 수 없죠.) Foxit 같은 프로그램으로 변환하는 것이 완벽하지 않더라도 최선입니다. RTF나 DOC로 잘 변환되었어도 결국에는 텍스트와 이미지를 일일이 복사해서 인디자인으로 옮겨야 합니다. PDF에서 복사하는 것보다 약간 덜 수고스러울 뿐입니다.

가장 이상적인 것은 출판사가 텍을 다룰 수 있는 것인데, 경문사 말고 달리 더 있는지 모르겠습니다.