section은 \fontspec 이 아니라 \setmainfont 류를 가지고 식자하게 되어 있습니다.

숫자는 한글폰트가 아닌 영문폰트로 식자하게 되어 있습니다.

따라서 \setmainfont에 한글이 들어있는 글꼴을 지정하고 vertical 옵션을 주시면 모든 문제가 해결될 것입니다.