tabu에서는 footnote가 유실되지 않습니다.

그것이 플로트 안으로 들어가면 없어지는 거죠. 말하자면 table 환경 안에 들어갔을 때가 문제입니다.

이건 tabu만 그런 것이 아니고 tabular라도 어쩔 수 없습니다. (이런저런 해법들이 많은데요... 많다는 건 그만큼 확실한 해결책이 없다는 말이기도 하니까...)

작성하는 문서에서 어떤 각주를 어느 위치에 달고자 하시는지 간단한 예제를 올려보시면 어떨까요?