자유인64님께서 조판에 사용하신 폰트가 달라서 비교가 좀 무의미합니다. 

test2_2013.tex에서는 Apple Myungjo를, test2_2012.tex에서는 한컴바탕을 사용하였으니까요. 

김도현 선생님께서 말씀하셨듯이 두 폰트는 다릅니다. 

특히 애플명조는 따옴표가 전각이라 닫는 따옴표 다음의 단어에 공백이 들어가게 됩니다. 

어쨌거나 xetexko를 사용하실 때 자유인64님께서 놓치신 부분은 

\usepackage[hangul]{xetexko}

입니다. xetexko 매뉴얼을 읽어보시면 한글을 주 문서로 사용할 때는 'hangul' 옵션을 주라고 되어 있습니다. 이 장치는 줄간격 조정 등 몇 가지 작업을 하게 됩니다. 

다음 그림을 참조하십시오.