longtable이 table 카운터를 무조건 증가시키도록 \caption 또는 그에 딸린 매크로를 재정의한 것으로 보입니다.

카운터를 되돌리는 것이 가장 손쉬운 해법이지 싶습니다.

\caption*{...}

...

\end{longtabu}

\addtocounter{table}{-1}