전에 알지 못하던 재미난 패키지를 소개해 주셔서 감사합니다.

해결책은 xindex 저자를 귀찮게 해서 한글을 지원하도록 하는 것이겠지요.

아니, 정확히 말하자면, 제대로 유니코드를 지원하도록 하는 것이겠지요.

다만 일단 그때까지는

\XeTeXinputnormalization=2

를 선언하면 기역 니은 ... 별로 항목들을 모아줄 것도 같습니다.