regex 방법에서 첫머리 콤마도 regex로 지우면 되겠네요.

\NewDocumentCommand \mynumformat { m }
{
    \tl_set:Nn \l_tmpa_tl { #1 }
    \tl_reverse:N \l_tmpa_tl
    \regex_replace_all:nnN { (\d\d\d) } { \1, } \l_tmpa_tl
    \regex_replace_once:nnN { ,$ } {  } \l_tmpa_tl
    \tl_reverse:N \l_tmpa_tl
    \tl_use:N \l_tmpa_tl
}