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Marked 2가 정답이죠. mathjax preview가 매우 좋습니다.
scrivener + marked 2라면 LyX과 경쟁할 만하다고 저는 항상 주장해왔습니다. :)
입력 편의성 문제는... $ 입력 가능하게 하고 $$ 입력도 가능하게 해두면 되죠(replacement).
사실 \\( \\[ 이게 한 글자 더 치는 거지만 그마저 귀찮은 게 틀림없으니까요.
이게 다 무료 소프트웨어가 아니라는 게 문제지만...
LyX의 최대 장점은 wysiwyg 수식 입력일테죠. 수식이 아주 많은 문서라면 확실히 좋긴 한데...
수식에 조금 익숙해지고 난 후에는 wysiwyg가 항상 장점만 갖는 건 아니라고 알려져 있습니다.
여담이지만, 저는 LyX의 최대 장점을 LilyPond snippet을 문서에 바로 넣을 수 있다는 점이라고 보고 있습니다. :)