Q&A 마당은 텍 관련 질문/답변을 위해 만들었습니다.

  • 로그인 없이 자유롭게 글을 읽고 쓸 수 있는 철학은 처음과 같이 계속됩니다.
  • 질문 전에 아래를 읽어 보세요. 좋은 질문이 좋은 답을 받을 수 있는 좋은 방법입니다.
    • 질문에 맞는 제목을 붙이세요. 질문의 내용과 관련없는 "고수님", "긴급질문", "도와주세요"와 같은 제목은 답이 잘 올라오지 않습니다. 이 게시판에 올라오는 모든 글은 질문입니다. 굳이 [질문], [Q]를 적으실 필요도 없습니다.
    • 내용을 충실히 적어 주시고, 같은 상황을 재현할 수 있는 최소한의 예제가 같이 있어야 합니다.
    • 최소 예제는 "Minimal working example"을 읽어 보세요.
  • 파일을 첨부하실 때에는 가능한 압축하여 파일 크기를 줄여서 올려주시길 바랍니다.
  • 개인적으로 사용하신 글꼴이 들어 있는 경우, preparefont.sty에 관한 답변을 참조하세요.
  • 스팸 글을 막기 위하여 짧은 시간 내에 다시 글이 등록되는 IP를 막거나, 광고 글을 막기 위하여 금지어로 .com, .net 등을 설정하고 있습니다. 다소간의 불편함이 있으시더라도 양해 바랍니다.
    • 금지어에서 stackexchange, stackoverflow, ctan, overleaf, , github, google.com, gmail.com, .org, .io, sil.org, wiki.com, tistory.com등은 해제하였습니다.
  • MathJax를 이용한 수식조판을 사용하실 수 있습니다. 여기를 참조하세요.
  • 사용하는 편집기는 CKeditor입니다.
    • 편집기에서 [enter]를 누르면 <p> 태그가 들어가고, 문단으로 생각하고 한 줄을 비웁니다.
    • 글줄만 바꾸려면 [shift-enter]를 누르면 <BR> 태그가 들어가므로 용도에 맞게 나누어 쓸 수 있습니다.
    • 수식를 문서내에 삽입하시려면 에디터를 툴바에서 [소스]를 눌러 HTML로 입력할 수 있게 바꾸신 후 <pre> </pre> tag를 사용하셔서 <pre> 여러 줄의 수식 </pre>처럼 입력하시면 좋습니다.

Citation이 Undefined 되었다는 Warning

2020.04.18 10:31

onsagerian 조회 수:2978

안녕하세요.

일단, 저번 글 2356번에 대해 많은 코멘트와 조언 주신 모든분들께 진심으로 감사의 말씀드립니다.

likesam님이 지적하였듯이 제가 기본적인 용어에 대한 이해부족이 근본적인 문제였고요. 또한, 제가 사용하고 있는 TexStudio가 PDFLatex와 bibtex를 제공하지 않는다고 생각했는데, 찾아보니 있더군요. 제가 생각해도 저 자신이 정말 한심해서 미칠지경입니다.

아무튼, 조언에 따라 bib파일을 수정하였고, 정해진 규칙에 근거하여 컴파일을 하였는데, error와 waring이 뜹니다. 이 부분에 대한 질문이 있는데, 그전에 관리자님께 양해의 말씀을 구하고 싶습니다. 제가 부득이하게 해당질문을 다음 두가지 이유때문에 2356의 댓글로 달지 않고, 독립적인 글로 남깁니다.

(1) 댓글이 너무 많이 달렸다는 점

(2) 원래글 (2356번)의 논의의 주제가 원래 의도했던 것에서 벗어나 bibtex 컴파일과 관련 메카니즘의 문제를 다루고 있다는 점 

이러한 두가지 이유때문에 2356번 논의와는 성격이 다른 질문글을 독립적으로 남깁니다.

문제점은 다음과 같습니다.

(1) "큰바위"님과 "Progress"님이 직접 제 파일(코드가 들어있는 tex파일)을 컴파일하시고 관련된 문제점을 알려주신것에 근거하여 수정하였습니다. (사실 제가 첨부한 tex에 들어있는 내용은 "큰바위"님이 보내주신 코드와 일치합니다!!!)

(2) bib파일 역시 문제점을 수정하였습니다.

그런데, 컴파일하였더니 다음과 같은 에러가 발생합니다.

분명 두분께서는 컴파일하시고 제대로 된 결과가 나왔는데, 저는 엄청난 에러가 발생합니다.

첨부한 내용들은 다음과 같습니다.

1. 첨부파일 (PDFLatex를 컴파일하였을 때 생기는 에러들) 

======> 편의상 일부만을 캡처하였는데, 대부분이 Citations들이 Undefined 되었다는 내용입니다. 그리고 생성된 bbl 파일에 에러가 있다는 내용입니다. (스크린샷 이미지 3개)  또한, 생성된 bbl 파일의 내용은 아래에다 복사했습니다.

2. 첨부파일 (BibTex를 컴파일하였을 때 생기는 에러들)

======> 역시 일부만을 캡처하였습니다. (스크린샷 이미지 2개)

추가사항 

1. 관련 파일(tex파일)을 첨부합니다. (파일명은 Question 3.tex 입니다!)

2. bib파일은 아래에다 복사하겠습니다. (파일명은 PCCP_Ref.bib 입니다!)

지금까지 많은 도움받았는데, 이번에도 염치불구하고 질문드리오니 다시한번 답변 부탁드리겠습니다.

 

PCCP_Ref.bib 내용 (모두 21개의 References)

@book{1,
   author={Uri Alon},
   title={An Introduction to Systems Biology (Design Principles of Biological Circuits)},
   journal={},
   volume={},
   year={2017},
   pages={}
}

@article{2,
    author={J.J.Hopfield},
    title={Kinetic Proofreading : A New Mechanism for Reducing Errors in Biosynthesis Processes Requiring High Specificity},
    journal={Proc. Nat. Acad. Sci. USA},
    volume={71},
    year={1974},
    pages={4135-4139}
}

@article{3,
    author={Jacques Ninio},
    title={Kinetic Amplification of Enzyme Discrimination},
    journal={Biochimie},
    volume={57},
    year={1975},
    pages={587-595}
}

@article{4,
    author={Albert Goldberter and Daniel E.{Koshland, JR}},
    title={An Amplified Sensitivity Arising from Covalent Modification in Biological Systems},
    journal={Proc, Natl. Acad. Sci. USA },
    volume={78},
    year={1981},
    pages={6840-6844}
}

@article{5,
    author={William S. Hlavacek and Antonio Redondo and Henry Metzger and Carla Wofsy and Byron Goldstein},
    title={Kinetic Proofreading Models for Cell Signalling Predict Ways to Escape Kinetic Proofreading},
    journal={PNAS},
    volume={98},
    year={2001},
    pages={7295-7300}
}

@article{6,
    author={Michael A. Savageau and Rolf R. Freter},
    title={Energy Cost of Proofreading to Increase Fidelity of Transfer Ribonucleic Acid Aminoacylation},
    journal={ACS},
    volume={18},
    year={1979},
    pages={3486-3493}
}

@article{7,
    author={Michael A. Savageau and Rolf R. Freter},
    title={Accuracy of Proofreading with Zero Energy Cost},
    journal={ACS},
    volume={93},
    year={1981},
    pages={179-185}
}


@article{8,
    author={W.Mckeithan},
    title={Kinetic Proofreading in T-Cell Receptor signal transduction},
    journal={Proc. Natl. Acad. Sci. USA},
    volume={92},
    year={1995},
    pages={5042-5046}
}

@article{9,
    author={Hong Qian},
    title={Reducing Intrinsic Biochemical Noise in Cells and Its Thermodynamics Limit},
    journal={J.Mol.Biol.},
    volume={362},
    year={2006},
    pages={387-392}
}

@article{10,
    author={Wenping Cui and Pankaj Mehta},
    title={Identifying feasible operating regimes for early T-cell recognition: The speed, energy,accuracy trade-off in kinetic proofreading and adaptive sorting},
    journal={PLOS ONE},
    volume={13},
    year={2018},
    pages={}
}

@article{11,
    author={Kinshuk Banerjee and Anatoly B.Kolomeisky and Oleg A. Igoshin},
    title={Elucidating interplay of speed and accuracy in biological error correction},
    journal={PNAS},
    volume={114},
    year={2017},
    pages={5183-5188}
}

@article{12,
    author={C. Chan and A.J.T. George and J.Stark},
    title={T Cell Sensitivity and Specificity – Kinetic Proofreading Revisited},
    journal={Disc.Cont. Dyn.Sys.Series B},
    volume={3},
    year={2003},
    pages={343-360}
}

@article{13,
    author={Hong Qian},
    title={Phosphorylation Energy Hypothesis : Open Chemical Systems and Their Biological Functions},
    journal={Annu. Phys. Chem},
    volume={58},
    year={2007},
    pages={113-142}
}

@article{14,
    author={Hong Qian},
    title={Thermodynamics and Kinetic Analysis of Sensitivity Amplification in Biological Signal Transduction},
    journal={Biophysical Chemistry},
    volume={105},
    year={2003},
    pages={585-593}
}

@article{15,
    author={Hong Qian},
    title={Open-System Nonequilibrium Steady State : Statistical Thermodynamics, Fluctuations, and Chemical Oscillations},
    journal={J. Phys. Chem. B},
    volume={110},
    year={2006},
    pages={15063-15074}
}


@article{16,
    author={Kinshuk Banerjee and Anatoly B.Kolomeisky and Oleg A. Igoshin},
    title={Accuracy of Substrate Selection By Enzyme is Controlled by Kinetic Discrimination},
    journal={The Journal of Physical Chemistry Letters},
    volume={8},
    year={2017},
    pages={1552-1556}
}

@article{17,
    author={Daniel Coombs and Byron Goldstein},
    title={T Cell Activation : Kinetic Proofreading, serial engagement and cell adhesion.},
    journal={J of Com and App Math},
    volume={184},
    year={2005},
    pages={121-139}
}

@article{18,
    author={Nicholas F. Polizzia and Michael J. Therienb and David N. Beratan },
    title={Mean First-Passage Times in Biology},
    journal={Isr J Chem},
    volume={56},
    year={2016},
    pages={816-824},
    doi={10.1002/ijch.201600040}
}

@article{19,
    author={Golan Bel and Brian Munsky and Ilya Nemenman},
    title={The simplicity of Completion Time Distributions for Common Complex Biochemical Processes},
    journal={Phys.Biol},
    volume={7},
    year={2010},
    pages={016003}
}

@article{20,
    author={Ganhui Lan and Pablo Satori and Silke Neumann and Victor Sourjik and Yuhai Tu },
    title={The energy-speed-accuracy trade-off in sensory adaptation},
    journal={Nature Physics},
    volume={8},
    year={2012},
    pages={422-428},
    doi={10.1038/NPHYS2276}
}

@article{21,
    author={Byron Goldstein and James R.Faeder and William S.Hlavacek},
    title={Mathematical and Computational Models of Immune-Receptor Signalling},
    journal={Nature Reviews Immunology},
    volume={4},
    year={2004},
    pages={445-456}
}

생성된 bbl 파일 내용 

\providecommand*{\mcitethebibliography}{\thebibliography}
\csname @ifundefined\endcsname{endmcitethebibliography}
{\let\endmcitethebibliography\endthebibliography}{}
\begin{mcitethebibliography}{0}
\providecommand*{\natexlab}[1]{#1}
\providecommand*{\mciteSetBstSublistMode}[1]{}
\providecommand*{\mciteSetBstMaxWidthForm}[2]{}
\providecommand*{\mciteBstWouldAddEndPuncttrue}
  {\def\EndOfBibitem{\unskip.}}
\providecommand*{\mciteBstWouldAddEndPunctfalse}
  {\let\EndOfBibitem\relax}
\providecommand*{\mciteSetBstMidEndSepPunct}[3]{}
\providecommand*{\mciteSetBstSublistLabelBeginEnd}[3]{}
\providecommand*{\EndOfBibitem}{}
\mciteSetBstSublistMode{f}
\mciteSetBstMaxWidthForm{subitem}
{(\emph{\alph{mcitesubitemcount}})}
\mciteSetBstSublistLabelBeginEnd{\mcitemaxwidthsubitemform\space}
{\relax}{\relax}

\end{mcitethebibliography}
번호 제목 글쓴이 날짜 조회 수
공지 Minimal Working Example을 첨부해주세요 [4] nanim 2015.06.23 233177
2377 enumerate에서 빈 item 설정이 궁금합니다. [6] 푸른눈물 2020.06.29 2129
2376 enumerate의 시작 위치가 조정 가능한지 궁금합니다. [2] file 푸른눈물 2020.06.25 1931
2375 표 차례에서 caption 패키지의 DeclareCaptionListFormat의 prefix 붙이는 문제 [10] file 달팽이 2020.06.11 3666
2374 tikzexternalize 관련 질문입니다. [3] file Pi 2020.06.23 1940
2373 Overleaf-Latex-Bibtex 번호 나오다가 안나오는[?] 에러 관련 [1] 하나 2020.06.16 2995
2372 한글+영어 차례 [1] yihoze 2020.06.16 1945
2371 Texpad (for Mac) 한글폰트 사용법질문드립니다. [7] file 리만역설 2020.06.13 3974
2370 맥 유료앱 Texpad에 관해 여쭙습니다. [11] jamesjunho 2019.02.25 11809
2369 ko.TeX에서 한글만 기본 글자 크기를 변경할 수 있나요? [7] xylosper 2013.07.15 16768
2368 texwork 실행 오류 [9] file 도두마리 2020.06.02 2126
2367 index(색인, 찾아보기)에서 기역 니은 디귿 등등의 구분 빈줄이 없습니다. [4] file jmc 2020.06.09 2571
2366 subfigure 사용시 그림 잘림 현상 [13] file 대학원생 2020.05.31 2480
2365 패키지 dvisvgm설치 관련 문의 드립니다. [4] file 하루 2020.06.04 2022
2364 eps 오류 관련 [3] file 흑석컨트롤 2020.06.03 2325
2363 wrapnum 설치 관련 질문입니다. [5] 하루 2020.06.01 1898
2362 Sphinx 영어, 한글 pdf 출력 [2] 초보스핑크스 2020.06.01 2222
2361 pdf 북마크 에서 한글사용 하려면 어떻게 해야 하나요? [20] file journeyer 2015.10.30 4176
2360 Tikz 에서 \coordinate 는 어디까지 영향을 주는지 알고 싶습니다. [3] 그림 2020.05.28 1852
2359 TeX Live 2020 설치 및 실행 관련 문의사항 [1] 초심자 2020.05.27 1957
2358 그림을 왼쪽에 넣고 바로 오른쪽에 글을 쓰는 방법은 없나요? [3] file 멍청이 2020.05.21 2149



XE Login