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Citation이 Undefined 되었다는 Warning
2020.04.18 10:31
안녕하세요.
일단, 저번 글 2356번에 대해 많은 코멘트와 조언 주신 모든분들께 진심으로 감사의 말씀드립니다.
likesam님이 지적하였듯이 제가 기본적인 용어에 대한 이해부족이 근본적인 문제였고요. 또한, 제가 사용하고 있는 TexStudio가 PDFLatex와 bibtex를 제공하지 않는다고 생각했는데, 찾아보니 있더군요. 제가 생각해도 저 자신이 정말 한심해서 미칠지경입니다.
아무튼, 조언에 따라 bib파일을 수정하였고, 정해진 규칙에 근거하여 컴파일을 하였는데, error와 waring이 뜹니다. 이 부분에 대한 질문이 있는데, 그전에 관리자님께 양해의 말씀을 구하고 싶습니다. 제가 부득이하게 해당질문을 다음 두가지 이유때문에 2356의 댓글로 달지 않고, 독립적인 글로 남깁니다.
(1) 댓글이 너무 많이 달렸다는 점
(2) 원래글 (2356번)의 논의의 주제가 원래 의도했던 것에서 벗어나 bibtex 컴파일과 관련 메카니즘의 문제를 다루고 있다는 점
이러한 두가지 이유때문에 2356번 논의와는 성격이 다른 질문글을 독립적으로 남깁니다.
문제점은 다음과 같습니다.
(1) "큰바위"님과 "Progress"님이 직접 제 파일(코드가 들어있는 tex파일)을 컴파일하시고 관련된 문제점을 알려주신것에 근거하여 수정하였습니다. (사실 제가 첨부한 tex에 들어있는 내용은 "큰바위"님이 보내주신 코드와 일치합니다!!!)
(2) bib파일 역시 문제점을 수정하였습니다.
그런데, 컴파일하였더니 다음과 같은 에러가 발생합니다.
분명 두분께서는 컴파일하시고 제대로 된 결과가 나왔는데, 저는 엄청난 에러가 발생합니다.
첨부한 내용들은 다음과 같습니다.
1. 첨부파일 (PDFLatex를 컴파일하였을 때 생기는 에러들)
======> 편의상 일부만을 캡처하였는데, 대부분이 Citations들이 Undefined 되었다는 내용입니다. 그리고 생성된 bbl 파일에 에러가 있다는 내용입니다. (스크린샷 이미지 3개) 또한, 생성된 bbl 파일의 내용은 아래에다 복사했습니다.
2. 첨부파일 (BibTex를 컴파일하였을 때 생기는 에러들)
======> 역시 일부만을 캡처하였습니다. (스크린샷 이미지 2개)
추가사항
1. 관련 파일(tex파일)을 첨부합니다. (파일명은 Question 3.tex 입니다!)
2. bib파일은 아래에다 복사하겠습니다. (파일명은 PCCP_Ref.bib 입니다!)
지금까지 많은 도움받았는데, 이번에도 염치불구하고 질문드리오니 다시한번 답변 부탁드리겠습니다.
PCCP_Ref.bib 내용 (모두 21개의 References)
@book{1, author={Uri Alon}, title={An Introduction to Systems Biology (Design Principles of Biological Circuits)}, journal={}, volume={}, year={2017}, pages={} } @article{2, author={J.J.Hopfield}, title={Kinetic Proofreading : A New Mechanism for Reducing Errors in Biosynthesis Processes Requiring High Specificity}, journal={Proc. Nat. Acad. Sci. USA}, volume={71}, year={1974}, pages={4135-4139} } @article{3, author={Jacques Ninio}, title={Kinetic Amplification of Enzyme Discrimination}, journal={Biochimie}, volume={57}, year={1975}, pages={587-595} } @article{4, author={Albert Goldberter and Daniel E.{Koshland, JR}}, title={An Amplified Sensitivity Arising from Covalent Modification in Biological Systems}, journal={Proc, Natl. Acad. Sci. USA }, volume={78}, year={1981}, pages={6840-6844} } @article{5, author={William S. Hlavacek and Antonio Redondo and Henry Metzger and Carla Wofsy and Byron Goldstein}, title={Kinetic Proofreading Models for Cell Signalling Predict Ways to Escape Kinetic Proofreading}, journal={PNAS}, volume={98}, year={2001}, pages={7295-7300} } @article{6, author={Michael A. Savageau and Rolf R. Freter}, title={Energy Cost of Proofreading to Increase Fidelity of Transfer Ribonucleic Acid Aminoacylation}, journal={ACS}, volume={18}, year={1979}, pages={3486-3493} } @article{7, author={Michael A. Savageau and Rolf R. Freter}, title={Accuracy of Proofreading with Zero Energy Cost}, journal={ACS}, volume={93}, year={1981}, pages={179-185} } @article{8, author={W.Mckeithan}, title={Kinetic Proofreading in T-Cell Receptor signal transduction}, journal={Proc. Natl. Acad. Sci. USA}, volume={92}, year={1995}, pages={5042-5046} } @article{9, author={Hong Qian}, title={Reducing Intrinsic Biochemical Noise in Cells and Its Thermodynamics Limit}, journal={J.Mol.Biol.}, volume={362}, year={2006}, pages={387-392} } @article{10, author={Wenping Cui and Pankaj Mehta}, title={Identifying feasible operating regimes for early T-cell recognition: The speed, energy,accuracy trade-off in kinetic proofreading and adaptive sorting}, journal={PLOS ONE}, volume={13}, year={2018}, pages={} } @article{11, author={Kinshuk Banerjee and Anatoly B.Kolomeisky and Oleg A. Igoshin}, title={Elucidating interplay of speed and accuracy in biological error correction}, journal={PNAS}, volume={114}, year={2017}, pages={5183-5188} } @article{12, author={C. Chan and A.J.T. George and J.Stark}, title={T Cell Sensitivity and Specificity – Kinetic Proofreading Revisited}, journal={Disc.Cont. Dyn.Sys.Series B}, volume={3}, year={2003}, pages={343-360} } @article{13, author={Hong Qian}, title={Phosphorylation Energy Hypothesis : Open Chemical Systems and Their Biological Functions}, journal={Annu. Phys. Chem}, volume={58}, year={2007}, pages={113-142} } @article{14, author={Hong Qian}, title={Thermodynamics and Kinetic Analysis of Sensitivity Amplification in Biological Signal Transduction}, journal={Biophysical Chemistry}, volume={105}, year={2003}, pages={585-593} } @article{15, author={Hong Qian}, title={Open-System Nonequilibrium Steady State : Statistical Thermodynamics, Fluctuations, and Chemical Oscillations}, journal={J. Phys. Chem. B}, volume={110}, year={2006}, pages={15063-15074} } @article{16, author={Kinshuk Banerjee and Anatoly B.Kolomeisky and Oleg A. Igoshin}, title={Accuracy of Substrate Selection By Enzyme is Controlled by Kinetic Discrimination}, journal={The Journal of Physical Chemistry Letters}, volume={8}, year={2017}, pages={1552-1556} } @article{17, author={Daniel Coombs and Byron Goldstein}, title={T Cell Activation : Kinetic Proofreading, serial engagement and cell adhesion.}, journal={J of Com and App Math}, volume={184}, year={2005}, pages={121-139} } @article{18, author={Nicholas F. Polizzia and Michael J. Therienb and David N. Beratan }, title={Mean First-Passage Times in Biology}, journal={Isr J Chem}, volume={56}, year={2016}, pages={816-824}, doi={10.1002/ijch.201600040} } @article{19, author={Golan Bel and Brian Munsky and Ilya Nemenman}, title={The simplicity of Completion Time Distributions for Common Complex Biochemical Processes}, journal={Phys.Biol}, volume={7}, year={2010}, pages={016003} } @article{20, author={Ganhui Lan and Pablo Satori and Silke Neumann and Victor Sourjik and Yuhai Tu }, title={The energy-speed-accuracy trade-off in sensory adaptation}, journal={Nature Physics}, volume={8}, year={2012}, pages={422-428}, doi={10.1038/NPHYS2276} } @article{21, author={Byron Goldstein and James R.Faeder and William S.Hlavacek}, title={Mathematical and Computational Models of Immune-Receptor Signalling}, journal={Nature Reviews Immunology}, volume={4}, year={2004}, pages={445-456} }
생성된 bbl 파일 내용
\providecommand*{\mcitethebibliography}{\thebibliography} \csname @ifundefined\endcsname{endmcitethebibliography} {\let\endmcitethebibliography\endthebibliography}{} \begin{mcitethebibliography}{0} \providecommand*{\natexlab}[1]{#1} \providecommand*{\mciteSetBstSublistMode}[1]{} \providecommand*{\mciteSetBstMaxWidthForm}[2]{} \providecommand*{\mciteBstWouldAddEndPuncttrue} {\def\EndOfBibitem{\unskip.}} \providecommand*{\mciteBstWouldAddEndPunctfalse} {\let\EndOfBibitem\relax} \providecommand*{\mciteSetBstMidEndSepPunct}[3]{} \providecommand*{\mciteSetBstSublistLabelBeginEnd}[3]{} \providecommand*{\EndOfBibitem}{} \mciteSetBstSublistMode{f} \mciteSetBstMaxWidthForm{subitem} {(\emph{\alph{mcitesubitemcount}})} \mciteSetBstSublistLabelBeginEnd{\mcitemaxwidthsubitemform\space} {\relax}{\relax} \end{mcitethebibliography}
댓글 4
-
likesam
2020.04.18 12:48
-
noname
2020.04.18 16:19
bib 파일의 저자 이름을 적을 적에 이름들 사이를 띄어주세요.
author={J.J.Hopfield},
이게 아니고,
author={J. J. Hopfield},
이렇게 적어야 합니다. 그리고
author={Albert Goldberter and Daniel E.{Koshland, JR}},
이게 아니라
author={Albert Goldberter and Daniel E. {Koshland, JR}},
이렇게 해야 합니다. 이런 것이 여러 개 보입니다. 그리고 서명에서도 약어임을 나타내는 마침표 뒤를 띄지 않은 것이 눈에 띄네요.
-
Progress
2020.04.18 18:05
일단 테스트해본 PCCP_Ref.bib 파일과 컴파일과정에서 생성된 Question_3.bbl 파일을 공유해 드립니다.
1. "Question 3.tex"을 "Question_3.tex"으로 공백없는 파일 네임으로 바꿨습니다. (likesam님 조언)
2. PCCP_Ref.bib 파일을 일부 수정했습니다. (noname님 조언)
3. Question_3.tex 파일의 202번째 줄에 인용되지 않았더라도 bib 파일에 수록된 모든 참고문헌을 나열하기 위해 \nocite{1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21}과 같이 나열하였는데 간단하게 \nocite{*}로 표시하는 게 좋겠습니다. 참고문헌 항목이 많아지면 저걸 다 적기 귀찮잖아요.
% \nocite{1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21}
\nocite{*}===
% Questikon_3.bbl 내용
\providecommand*{\mcitethebibliography}{\thebibliography}
\csname @ifundefined\endcsname{endmcitethebibliography}
{\let\endmcitethebibliography\endthebibliography}{}
\begin{mcitethebibliography}{22}
\providecommand*{\natexlab}[1]{#1}
\providecommand*{\mciteSetBstSublistMode}[1]{}
\providecommand*{\mciteSetBstMaxWidthForm}[2]{}
\providecommand*{\mciteBstWouldAddEndPuncttrue}
{\def\EndOfBibitem{\unskip.}}
\providecommand*{\mciteBstWouldAddEndPunctfalse}
{\let\EndOfBibitem\relax}
\providecommand*{\mciteSetBstMidEndSepPunct}[3]{}
\providecommand*{\mciteSetBstSublistLabelBeginEnd}[3]{}
\providecommand*{\EndOfBibitem}{}
\mciteSetBstSublistMode{f}
\mciteSetBstMaxWidthForm{subitem}
{(\emph{\alph{mcitesubitemcount}})}
\mciteSetBstSublistLabelBeginEnd{\mcitemaxwidthsubitemform\space}
{\relax}{\relax}\bibitem[Alon(2017)]{1}
U.~Alon, \emph{An Introduction to Systems Biology (Design Principles of
Biological Circuits)}, 2017\relax
\mciteBstWouldAddEndPuncttrue
\mciteSetBstMidEndSepPunct{\mcitedefaultmidpunct}
{\mcitedefaultendpunct}{\mcitedefaultseppunct}\relax
\EndOfBibitem
\bibitem[Hopfield(1974)]{2}
J.~J. Hopfield, \emph{Proc. Nat. Acad. Sci. USA}, 1974, \textbf{71},
4135--4139\relax
\mciteBstWouldAddEndPuncttrue
\mciteSetBstMidEndSepPunct{\mcitedefaultmidpunct}
{\mcitedefaultendpunct}{\mcitedefaultseppunct}\relax
\EndOfBibitem(이하 생략)
-
onsagerian
2020.04.19 08:26
파일명을 수정하고, bib 파일에서 여전히 문제가 되고 있는 부분을 수정하였더니 제대로 컴파일이 되었습니다. 이것을 확장하여 나름대로 Figures를 넣어서 컴파일을 해보고, 마지막으로 submit 하려는 논문 전체를 컴파일하여 원하는 결과를 얻는데 성공하였습니다. 물론, 이 과정 중에 많은 에러들이 발생하였지만, 차분한 마음으로 수정하고 여러 시도를 하였기 때문에 가능한 것이었습니다. 그리고, 근본적으로 여러분들의 도움이 있었기에 해결할 수 있는 원동력이 된것입니다. 이제 시간날때 논문의 마무리 작업으로 몇가지 수정을 해보면서 완벽한 상태로 만들 예정인데, 혼자서 불가능하다고 생각되면 다시 질문 올리겠습니다. 감사합니다.
화일을 다운로드 받아서 linux에 TeX Live 2018이 설치된 linux에서 컴파일하여 봤습니다만 아래의 스크린 샷으로 보여주신 에러가 나오지 않습니다.
혹시 windows에서 작업하고 계신가요? 스크린 샷을 보고 윈도우에서 작업하신 것으로 생각되어 윈도우에서 컴파일 하여 봤습니다.
230511번글의 답글을 참조하시고, 윈도우에서 작업하신다면 작업하시는 화일과 화일이 위치한 경로를 "영어 알파벳과 숫자로만 이루어진 화일이름"을 쓰시는 것이 좋습니다. 윈도우에서 작업하는 많은 경우에 있어서 Quesitions 3.tex 보다는 Questions3.tex 이나 Quesitions_3.tex이 문제가 발생하지 않습니다. 한글이나 빈 칸등이 있으면 에러가 날 가능성이 매우 높습니다. 이는 *nix 계열에서는 큰 문제가 없지만 윈도우에서는 매우 자주 나타나는 문제 입니다.
원인은 실행되는 프로그램들이 화일이름에 빈 칸이나 알파벳이외의 문자가 있는 경우 오작동할 가능성이 높기 때문입니다. dos의 8글자화일이름과 3글자 확장자에서 벗어난지 오래되지 않았습니다. 그래서 "c:\users\나야나\My Documents\Qusitions 3.tex"과 같은 경로명, 화일이름은 에러가 날 가능성이 매우 높습니다. 이는 TeX을 이루고 있는 화일들 뿐만아니라 현대적인(?) 윈도우 프로그램에서도 종종 나타납니다. 예를 들어
위와 같이 실행될 경우 word.exe라는 실행화일은 "c:\users\나야나\My" 와 "Documents\Qusitions"라는 옵션으로 "3.doc"을 실행하라고 인식할 가능성이 높기 때문입니다. ^^
그래서 저는 사용자 이름은 꼭 8글자 이내의 소문자 알파벳으로 만들고, 한글로 화일이름을 짓거나 화일이름에 공백을 넣지 않습니다.