제 컴에 있는 폰트 이름은 다음과 같군요.

\setmainhanjafont{Kozuka Mincho Pro EL}

맥이면 서체관리자에서 이름이 보이고요. 자세한 사항은

fc-list 

명령을 내려 보면 보입니다.

일단 터미널(명령프롬프트)에서 tecdoc xetexko 명령으로 매뉴얼을 보시는 좋을 거 같습니다.

• 은글꼴
• faq의 은글꼴 ( http://faq.ktug.org/faq/%C0%BA%B1%DB%B2%C3 ) 을 참조하세요.
• setmainfont 등, 
• xelatex을 사용하신다고 보고, > texdoc xetexko 를 하셔서 xetex-ko의 매뉴얼을 먼저 읽어 보세요.
• font설치 fontcache
• 위의 Link가 쉽게 설명되어 있습니다.
• 좀더 상세히 말씀드리면, http://faq.ktug.org/faq/TDS 에 맞춰서 localtexmf ( http://faq.ktug.org/faq/LocalTexmfTree ) 에 fonts/opentype 디렉토리를 만든 후, 여기에 글꼴을 복사하여 넣고, fontcache ( fontcache.bat를 실행하거나, fc-cache 를 실행 ) 하시는 쉬운 과정을 거치시면 됩니다. 여기서 안된다면, 뭔가 글꼴이 잘못 되었거나, 다른 문제가 있는 것입니다.
• 글꼴이 설치되었는지는 fc-list 를 하여 보시면 됩니다.

pdflatex으로 컴파일 한 문서의 사용한 글꼴을 pdffonts 명령을 이용하여 알아내신 후, 알아내신 글꼴로 글꼴을 설정하시면 됩니다.

> pdffonts foo.pdf

part, chapter, section등의 글꼴 선택과 크기는 사용하시는 클래스 파일마다 따로 지정된 것입니다.

따라서 그 클래스의 정의를 살펴보셔야 합니다.

만일 memoir 클래스를 쓰신다면 (kotex의 (x)oblivoir 클래스는 기본으로 memoir를 부릅니다)

이 경우에 chapterstyle 등을 정의하시면서 제목의 여러 부분을 원하시는 모양으로 디자인

하실 수 있습니다. 

이런 경우는 memoir 클래스의 매뉴얼을 따라 하셔야 합니다.

매뉴얼은 다음 명령으로 보십시요.

$ texdoc memucs

한글 용으로 oblivoir 클래스에 사용하실 수 있는 미리 정의된 

ob-chapterstyle.sty 라는 파일을 찾아 사용하실 수도 있습니다.

위에서 gromov님께서 말씀하신 것 처럼, class와  style을 따라 갑니다.

memior 혹은 (x)oblivoir 를 사용하신다면 gromov 님께서 말씀하신 memoir의 설명서를 보시고, 올려두신 .tex과 같이 book class를 사용하신다면 FAQ의 장절명령 ( http://faq.ktug.org/faq/%C0%E5%C0%FD%B8%ED%B7%C9  ) 을 보세요.

그 이전에, http://faq.ktug.org/faq/lshort-kr 과 같은 기본적인 LaTeX 명령들을 공부하시는 것이 좋으실 듯 합니다.

book class는 latex이 설치되어 있는 곳이라면, 어디에나 있기에 올려주실 필요도 없습니다. 그리고, 특별한 경우가 아니라면 Book.cls를 직접 고치시는 것은 다른 문제를 일으킬 가능성이 높기 때문에 권장되지도 않을 듯 합니다.

http://www.ctan.org/pkg/sectsty 를 참조하여 보세요. ( 참, 저는 이것을 사용하여 보지 않았기에, xelatex 이나 한글 환경에서 어떤 문제가 있을지는 잘 모르겠습니다. 이에 관련되어서는 이곳을 찾아 보시면 답을 더 구하실 수 있을 것입니다. 예를 들어 구글에서 sectsty site:ktug.org 정도로만 검색하여 보셔도 될 것입니다.

book.cls는 LaTeX에 기본으로 설치되는 화일이므로, 굳이 올리실 필요가 없다고 판단하여 삭제합니다.

가급적 화일을 올리실 때에는 압축을 하여 화일 용량을 줄여서 올려주시길 부탁드립니다.

sectsty package를 참조하세요.

\usepackage{sectsty}

\partfont{\LARGE}
\chapterfont{\LARGE}

올려주신 파일을 보니 한글 관련 세팅을 두 번 불러주셨어요.

먼저

\usepackage{xetexko}

그리고 나중에 

\usepackage[utf,hangul]{kotex}

이 가운데 두 번째 것을 지워주시면 잘 작동합니다.(xelatex 으로 컴파일)

이상하게 앞의 것을 지워주면 저는 파트 글꼴 사이즈가 변하지 않네요.

이것은 고수분들이 확인해 주셔야 할 듯.

book.cls 파일은 손대지 않았어요.

그냥 샘처럼님의 secsty 을 사용했습니다.

제 텍은 2013으로 업되어 있어요.

하지만 book.cls는 별로 변했을리가 없고요.

kotex은 변화가 있을 것 같아요.

혹시 모르니까 texlive 2013과 kotex 2013으로 바꾸어 보시는 것은 어떠실지.

저는 kotex을 남겨두고 xetexko를 지우면 한쪽이 제대로 안 들어요.

그런데 kotex은 지난 몇 개월 사이에 많은 것이 변했으니까

혹시 그런 차이가 있을 수 있겠습니다.

저도 book.cls 는 고치지 않았으며, TeXLive 2013 + ko.TeX 환경입니다.

chapter, part 글꼴 크기가 모두 변하는 것을 확인하였습니다.

book.cls는 손대지 않았습니다. ( book.cls는 손대지 않는 것이 당연한 것입니다. )

첨부 화일을 보시면, 글꼴의 크기가 바뀌어 있는 것을 보실 수 있을 것입니다.

어쩌면, 고치셨다는 book.cls가 원인일지도 모른다는 생각도 듭니다만, Book.cls만을 원래대로 고쳐두는 것으로 문제가 해결될 것인지도 의문입니다. 

흥미롭습니다. 

문제는 2013에서는 한글과 한자 등의 font를 달리하면 microtypography가 깨진다는데 문제가 있읍니다!!! 그런데 texlive2012는 그런면에서는 크게 문제가 없어 보입니다. 2012가 2013보다 글자간의 간격 등이 훨씬 보기에 좋아보이는 것 같아서 2012를 고집했는데(2013은 2012보다 조밀함) 근본적으로 book.cls 등을 고치지 않으면 문제가 해결될 것 같지 않아 보입니다!

조판 결과가 달리 나오는 TL2012과 TL2013으로 컴파일한 pdf 파일, 그리고 사용하신 텍 소스 파일을 좀 올려주시겠습니까? (총 세 개의 파일이겠네요)

마이크로타이포그래피가 microtype 패키지가 구현해주는 font expansion(글리프 스케일링이라고도 하는 것 같습니다), 그리고 문장부호가 판면의 시작점, 또는 끝점에 위치할 때 판면 밖으로 살짝 내보내는 문장부호 매달기(hanging punctuation 또는 character protrusion) 기능을 가리키는 것이라면, 제가 알기로 이 기능은 현재 pdftex과 luatex에서만 가능합니다. xetex에서는 hanging punctuation만 가능하다고 알고 있습니다. 김도현 선생님께서 만드신 xetexko에서도 관련 부분, 즉 xetexko-hanging 패키지를 얹은 다음, 폰트 설정 이후에 \hangingpunctuation 선언을 함으로써 가능하다고 언급하였고요.

마이크로타이포그래피가 일반적인 폰트 운영, 즉 자간, 장과 평, 어간 등을 지칭하는 것이라면, TL2012 저장소에서 제공하는 kotex과 TL2013 저장소에서 제공하는 kotex의 기본값에 차이가 있는지 한번 확인해보고자 합니다. 물론 여기서 kotex은 xetexko를 말합니다. 

마이크로타입하고는 무관하고요,

mainfont를 애플명조로 설정해서 생긴 결과입니다.

애플명조의 인용부호 폭이 전각이기 때문입니다.

이 문제를 피해가려면 mainfont를 영문글꼴로 지정하시거나, 아니면

  \semainhangulfont[quotewidth=0.25em,Mapping=tex-text]{...} 

  \semainhanjafont [quotewidth=0.25em,Mapping=tex-text]{...}

처럼 한글과 한자 글꼴에 quotewidth 옵션을 주십시오.

자유인64님께서 조판에 사용하신 폰트가 달라서 비교가 좀 무의미합니다. 

test2_2013.tex에서는 Apple Myungjo를, test2_2012.tex에서는 한컴바탕을 사용하였으니까요. 

김도현 선생님께서 말씀하셨듯이 두 폰트는 다릅니다. 

특히 애플명조는 따옴표가 전각이라 닫는 따옴표 다음의 단어에 공백이 들어가게 됩니다. 

어쨌거나 xetexko를 사용하실 때 자유인64님께서 놓치신 부분은 

\usepackage[hangul]{xetexko}

입니다. xetexko 매뉴얼을 읽어보시면 한글을 주 문서로 사용할 때는 'hangul' 옵션을 주라고 되어 있습니다. 이 장치는 줄간격 조정 등 몇 가지 작업을 하게 됩니다. 

다음 그림을 참조하십시오. 

아 왜그런지 알 것 같습니다.

아마 제대로 확인하려면 TeXLive 2012에 애플명조 등을 깔고 컴파일해 보셔서 

2013에 잘못 나왔다고 생각하신 것과 비교해 보면 충분하겠습니다.

그러면 2012와 2013의 차이가 아니라 두 글꼴의 차이라는 것이 확실하겠네요.

말씀드렸던 바와 같이 글꼴의 크기도 제가 예제로 올려드린 화일에서 보시면 part와 chapter 모두 잘 바뀌고 있습니다.

book.cls 는 이상이 없다고 보시는 편이 맞다고 생각합니다. 저는 오히려 자유인64님께서 임의로 고치신 book.cls때문에 문제가 있는 것이 아닐까 라고 생각합니다. book.cls에 말씀하신 문제가 있었다면 30년가까이된 LaTeX 2e가 수정이 되지 않았을 리가 없습니다.  ^^

제가 가지고 있는 TnXTeX ( TeXLive2012 기반) 과 TeX Live 2013의 book.cls는 토씨하나 틀리지 않고 동일합니다. 첨부화일로 보내드립니다.

TL2012에는 kotex2013을 까시면 안 됩니다.

TeXLive부터 2013으로 업그레이드 하십시요.

1. 위의 setcsty package의 설명을 보세요. 도스 명령창에서 texdoc sectsty 하시면  볼 수 있습니다.

2. 위에서 말씀 드린 lshort-kr ( http://faq.ktug.org/faq/lshort-kr )과 같은 기본 문서라도 한 번 읽어 보세요. lshort-kr 이라면 "6.2 글꼴과 크기"를 보세요.