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Citation이 Undefined 되었다는 Warning

2020.04.18 10:31

onsagerian 조회 수:1466

안녕하세요.

일단, 저번 글 2356번에 대해 많은 코멘트와 조언 주신 모든분들께 진심으로 감사의 말씀드립니다.

likesam님이 지적하였듯이 제가 기본적인 용어에 대한 이해부족이 근본적인 문제였고요. 또한, 제가 사용하고 있는 TexStudio가 PDFLatex와 bibtex를 제공하지 않는다고 생각했는데, 찾아보니 있더군요. 제가 생각해도 저 자신이 정말 한심해서 미칠지경입니다.

아무튼, 조언에 따라 bib파일을 수정하였고, 정해진 규칙에 근거하여 컴파일을 하였는데, error와 waring이 뜹니다. 이 부분에 대한 질문이 있는데, 그전에 관리자님께 양해의 말씀을 구하고 싶습니다. 제가 부득이하게 해당질문을 다음 두가지 이유때문에 2356의 댓글로 달지 않고, 독립적인 글로 남깁니다.

(1) 댓글이 너무 많이 달렸다는 점

(2) 원래글 (2356번)의 논의의 주제가 원래 의도했던 것에서 벗어나 bibtex 컴파일과 관련 메카니즘의 문제를 다루고 있다는 점 

이러한 두가지 이유때문에 2356번 논의와는 성격이 다른 질문글을 독립적으로 남깁니다.

문제점은 다음과 같습니다.

(1) "큰바위"님과 "Progress"님이 직접 제 파일(코드가 들어있는 tex파일)을 컴파일하시고 관련된 문제점을 알려주신것에 근거하여 수정하였습니다. (사실 제가 첨부한 tex에 들어있는 내용은 "큰바위"님이 보내주신 코드와 일치합니다!!!)

(2) bib파일 역시 문제점을 수정하였습니다.

그런데, 컴파일하였더니 다음과 같은 에러가 발생합니다.

분명 두분께서는 컴파일하시고 제대로 된 결과가 나왔는데, 저는 엄청난 에러가 발생합니다.

첨부한 내용들은 다음과 같습니다.

1. 첨부파일 (PDFLatex를 컴파일하였을 때 생기는 에러들) 

======> 편의상 일부만을 캡처하였는데, 대부분이 Citations들이 Undefined 되었다는 내용입니다. 그리고 생성된 bbl 파일에 에러가 있다는 내용입니다. (스크린샷 이미지 3개)  또한, 생성된 bbl 파일의 내용은 아래에다 복사했습니다.

2. 첨부파일 (BibTex를 컴파일하였을 때 생기는 에러들)

======> 역시 일부만을 캡처하였습니다. (스크린샷 이미지 2개)

추가사항 

1. 관련 파일(tex파일)을 첨부합니다. (파일명은 Question 3.tex 입니다!)

2. bib파일은 아래에다 복사하겠습니다. (파일명은 PCCP_Ref.bib 입니다!)

지금까지 많은 도움받았는데, 이번에도 염치불구하고 질문드리오니 다시한번 답변 부탁드리겠습니다.

 

PCCP_Ref.bib 내용 (모두 21개의 References)

@book{1,
   author={Uri Alon},
   title={An Introduction to Systems Biology (Design Principles of Biological Circuits)},
   journal={},
   volume={},
   year={2017},
   pages={}
}

@article{2,
    author={J.J.Hopfield},
    title={Kinetic Proofreading : A New Mechanism for Reducing Errors in Biosynthesis Processes Requiring High Specificity},
    journal={Proc. Nat. Acad. Sci. USA},
    volume={71},
    year={1974},
    pages={4135-4139}
}

@article{3,
    author={Jacques Ninio},
    title={Kinetic Amplification of Enzyme Discrimination},
    journal={Biochimie},
    volume={57},
    year={1975},
    pages={587-595}
}

@article{4,
    author={Albert Goldberter and Daniel E.{Koshland, JR}},
    title={An Amplified Sensitivity Arising from Covalent Modification in Biological Systems},
    journal={Proc, Natl. Acad. Sci. USA },
    volume={78},
    year={1981},
    pages={6840-6844}
}

@article{5,
    author={William S. Hlavacek and Antonio Redondo and Henry Metzger and Carla Wofsy and Byron Goldstein},
    title={Kinetic Proofreading Models for Cell Signalling Predict Ways to Escape Kinetic Proofreading},
    journal={PNAS},
    volume={98},
    year={2001},
    pages={7295-7300}
}

@article{6,
    author={Michael A. Savageau and Rolf R. Freter},
    title={Energy Cost of Proofreading to Increase Fidelity of Transfer Ribonucleic Acid Aminoacylation},
    journal={ACS},
    volume={18},
    year={1979},
    pages={3486-3493}
}

@article{7,
    author={Michael A. Savageau and Rolf R. Freter},
    title={Accuracy of Proofreading with Zero Energy Cost},
    journal={ACS},
    volume={93},
    year={1981},
    pages={179-185}
}


@article{8,
    author={W.Mckeithan},
    title={Kinetic Proofreading in T-Cell Receptor signal transduction},
    journal={Proc. Natl. Acad. Sci. USA},
    volume={92},
    year={1995},
    pages={5042-5046}
}

@article{9,
    author={Hong Qian},
    title={Reducing Intrinsic Biochemical Noise in Cells and Its Thermodynamics Limit},
    journal={J.Mol.Biol.},
    volume={362},
    year={2006},
    pages={387-392}
}

@article{10,
    author={Wenping Cui and Pankaj Mehta},
    title={Identifying feasible operating regimes for early T-cell recognition: The speed, energy,accuracy trade-off in kinetic proofreading and adaptive sorting},
    journal={PLOS ONE},
    volume={13},
    year={2018},
    pages={}
}

@article{11,
    author={Kinshuk Banerjee and Anatoly B.Kolomeisky and Oleg A. Igoshin},
    title={Elucidating interplay of speed and accuracy in biological error correction},
    journal={PNAS},
    volume={114},
    year={2017},
    pages={5183-5188}
}

@article{12,
    author={C. Chan and A.J.T. George and J.Stark},
    title={T Cell Sensitivity and Specificity – Kinetic Proofreading Revisited},
    journal={Disc.Cont. Dyn.Sys.Series B},
    volume={3},
    year={2003},
    pages={343-360}
}

@article{13,
    author={Hong Qian},
    title={Phosphorylation Energy Hypothesis : Open Chemical Systems and Their Biological Functions},
    journal={Annu. Phys. Chem},
    volume={58},
    year={2007},
    pages={113-142}
}

@article{14,
    author={Hong Qian},
    title={Thermodynamics and Kinetic Analysis of Sensitivity Amplification in Biological Signal Transduction},
    journal={Biophysical Chemistry},
    volume={105},
    year={2003},
    pages={585-593}
}

@article{15,
    author={Hong Qian},
    title={Open-System Nonequilibrium Steady State : Statistical Thermodynamics, Fluctuations, and Chemical Oscillations},
    journal={J. Phys. Chem. B},
    volume={110},
    year={2006},
    pages={15063-15074}
}


@article{16,
    author={Kinshuk Banerjee and Anatoly B.Kolomeisky and Oleg A. Igoshin},
    title={Accuracy of Substrate Selection By Enzyme is Controlled by Kinetic Discrimination},
    journal={The Journal of Physical Chemistry Letters},
    volume={8},
    year={2017},
    pages={1552-1556}
}

@article{17,
    author={Daniel Coombs and Byron Goldstein},
    title={T Cell Activation : Kinetic Proofreading, serial engagement and cell adhesion.},
    journal={J of Com and App Math},
    volume={184},
    year={2005},
    pages={121-139}
}

@article{18,
    author={Nicholas F. Polizzia and Michael J. Therienb and David N. Beratan },
    title={Mean First-Passage Times in Biology},
    journal={Isr J Chem},
    volume={56},
    year={2016},
    pages={816-824},
    doi={10.1002/ijch.201600040}
}

@article{19,
    author={Golan Bel and Brian Munsky and Ilya Nemenman},
    title={The simplicity of Completion Time Distributions for Common Complex Biochemical Processes},
    journal={Phys.Biol},
    volume={7},
    year={2010},
    pages={016003}
}

@article{20,
    author={Ganhui Lan and Pablo Satori and Silke Neumann and Victor Sourjik and Yuhai Tu },
    title={The energy-speed-accuracy trade-off in sensory adaptation},
    journal={Nature Physics},
    volume={8},
    year={2012},
    pages={422-428},
    doi={10.1038/NPHYS2276}
}

@article{21,
    author={Byron Goldstein and James R.Faeder and William S.Hlavacek},
    title={Mathematical and Computational Models of Immune-Receptor Signalling},
    journal={Nature Reviews Immunology},
    volume={4},
    year={2004},
    pages={445-456}
}

생성된 bbl 파일 내용 

\providecommand*{\mcitethebibliography}{\thebibliography}
\csname @ifundefined\endcsname{endmcitethebibliography}
{\let\endmcitethebibliography\endthebibliography}{}
\begin{mcitethebibliography}{0}
\providecommand*{\natexlab}[1]{#1}
\providecommand*{\mciteSetBstSublistMode}[1]{}
\providecommand*{\mciteSetBstMaxWidthForm}[2]{}
\providecommand*{\mciteBstWouldAddEndPuncttrue}
  {\def\EndOfBibitem{\unskip.}}
\providecommand*{\mciteBstWouldAddEndPunctfalse}
  {\let\EndOfBibitem\relax}
\providecommand*{\mciteSetBstMidEndSepPunct}[3]{}
\providecommand*{\mciteSetBstSublistLabelBeginEnd}[3]{}
\providecommand*{\EndOfBibitem}{}
\mciteSetBstSublistMode{f}
\mciteSetBstMaxWidthForm{subitem}
{(\emph{\alph{mcitesubitemcount}})}
\mciteSetBstSublistLabelBeginEnd{\mcitemaxwidthsubitemform\space}
{\relax}{\relax}

\end{mcitethebibliography}
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