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아, 눈썰미가 대단하시네요. 일단 아래 럼 한 줄을 추가하면 임시적으로 해결이 가능합니다.
\setCharOption{main}{ideograph}{anchor=base,yshift=-0.45cm}
이 부분은 글자의 높이가 제각각이라는 점을 무시하고, 노드의 중앙을 기준으로 식자해서 발생하는 문제입니다. 시간이 날 때 뭐가 좋은 해결책인지 생각해봐야겠습니다.