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답변은 뭐, karnes님께서 잘 해주셨으니 이해가 되리라 생각합니다만...
다른 건 모르겠고 ko.TeX이 맞습니다. 텍스트로 쓸 때는 이렇게 써야합니다.
위키페이지에 대문자와 소문자를 일정 부분 섞어 짓게 되어있어 표기의 불일치가 오긴 했지만, 해당 위키 제목 페이지 외에는 찾아보기가 어렵고, 이로 말미암아 ko.TeX을 KoTeX 또는 Ko.TeX으로 오해하게 하여 혼란을 줄 정도는 아니라 생각합니다.
프로그램의 명을 짓는 것은 저작자의 고유권한이라 생각합니다. 우리가 30년도 훨씬 넘은 옛날, Knuth 교수가 명명했던 `TeX' 표기를 받아들이는 것처럼 `ko.TeX'도 이 프로그램 저작자가 명명한대로 받아들이는 게 자연스럽다고 생각합니다.